L’équipe était consituée d’une quarantaine de collaborateurs, d’origines et de profils complémentaires (ingénieurs, géographes, sociologues, environnementalistes,...). Depuis le lancement du processus de repositionnement et de relance des activités d’Enda Maghreb, deux pôles sont mis en place et regroupent une dizaine de collaborateurs. Il s’agit des pôles "Développement Humain" et " Nature " qui assurent la mise en œuvre et le suivi des projets sur le terrain, appuyés par des unités transversales se consacrant aux domaines techniques et de communication.

Le Comité d’Appui Stratégique et Technique (CAST), regroupant le Coordinateur d’Enda Maghreb ainsi que les deux responsables de pôles se consacrent aux questions stratégiques de l’Organisation.